POZOR, SPOILER
Společnost Umbrella Corporation má základnu u Raccoon City. K něčemu tam došlo. Vědec pracuje s nějakým hodně nebezpečným materiálem. Ten je uložen do bedničky. Někdo si ji bere a pak hází skleněnou baňku s modrou tekutinou, ta se po rozbití začne odpařovat. Dostává se to do větracích šachet. Spouští se poplach, automatické hašení požárů a objekt se uzavírá. Lidé panikaří a umírají.
Mladá dívka Alice se probouzí ve sprchovacím koutě. Netuší, co se s ní děje. V zrcadle zkoumá podivnou jizvu na rameni. Pak si oblékne bílé šatky, které později vymění za červené. Mezitím prošla místností, kde nikdo nebyl. Najednou se zde objeví muž a hned po něm sem vtrhne speciální komando. Muž o sobě tvrdí, že je policista Matthew Addison. Jeden z členů komanda chce po dívce hlášení a oslovuje ji vojáku. Komando si sundává masky, ve kterých sem vtrhlo. Chystají se do úlu. Nejprve si vezmou lokomotivu, ve které objeví dalšího muže. Jmenuje se Spence, je to manžel Alice. On si to však také nepamatuje, stejně jako ona. Ta si však začíná vzpomínat na nějaké drobnosti. Na ruce objeví prstýnek s nápisem majetek Umbrella Corporation. Stejný má i Spence. Lokomotiva doveze všechny až před vstup do úlu. Zde se děvče dozví, že komando a ona mají stejného zaměstnavatele, totiž Umbrellu. Ona měla hlídat jeden nouzový vchod a její manželství bylo právě proto pouze fiktivní. Také se dozví, že byli v Raccoon City a odtud vede podzemní chodba až k úlu. Tou jezdí právě ona lokomotiva. V úlu byl prý vypuštěn nervový plyn.
Velitel komanda vypráví, že to, co se tu děje, zavinila Červená královna. To je inteligentní automatický systém řídící vše v úlu. Ta začala zabíjet lidi a úl uzavřela. Komando má za úkol ji vypnout. Dojdou až ke vstupním dveřím, které je třeba odkódovat, což učiní muž jménem Kaplan a šéf komanda jde dovnitř. Vypadá tu vše v pořádku, a tak za ním jdou i tři jeho lidé. To, že padli do pasti, zjistí až příliš pozdě. Bezpečnostní systém je laserem nakrájí jako máslo. Naštěstí se pak povede královnu vyřadit i přesto, že udělá hologram holčičky, která tomu má zabránit. Jenže když se jim povede přinutit systém k restartu, odblokují se všechny dveře, které byly předtím uzavřeny. Tím začne peklo na zemi. Děvče z komanda jménem Rain Ocampová objeví ženu a chce jí pomoci. Ta ji však napadne a kousne do ruky. Pak je útočnice zastřelena, ale její mrtvola mizí. A to už se zde objevují další hodně divní lidé. Je jasné, že jsou něčím nakažení a zabít je v podstatě nelze.
Napadena je i Alice, a to psy bez kůže. Ona si však s nimi hladce poradí. Pak je však nucena zabít i Matovu sestru, která na něj doráží. A při tom si vzpomene, že se spolu setkaly, když jí chtěla předat informace o viru. Její bratr ví, oč jde. Je to nelegální T-virus a má hodně společného s pokusy s genetikou. A on chce důkazy. Ti, kteří přežili, jdou opět k centrálnímu počítači a Alice jej znovu nahodí. Je jim vysvětleno, co je to přesně T-virus. Dodává elektrické impulsy do mozku. Ten začne pracovat, i když je již fyzické tělo mrtvé. Bohužel neumí obnovit inteligenci a zachovává jen primitivní pud získat potravu.
Lidé se pokusí o útěk tunelem. Ale i zde jsou napadeni. Boj pokračuje a v něm nechávají Kaplana. Pak má Alice opět světlou chvilku. Vzpomene si, že existuje antivir. Tedy lék. Světlou chvilku má i Spence a vzpomene si, že to byl on, kdo ukradl kufřík s protilátkou. A také to byl on, kdo hodil ampuli s modrým T-virem tak, aby se rozbila. Také tvrdí, že antivir je v lokomotivě. Dochází k potyčce, při které je napaden a zraněn, proto spěchá pro lék. Jenže když si jej u lokomotivy chce aplikovat, dojde ke zcela nečekanému zvratu.
Ti ostatní jsou tam, kde je Spence zavřel, aby jim znemožnil únik. Počítač jim otevřít nechce, jedině za život raněné vojačky. Dveře jim otevře až Kaplan, který nakaženým utekl. Útěk tedy pokračuje, a ne všem se podaří. Ti, co přežili, se dostávají až k lokomotivě, ale i zde jsou napadáni něčím děsivým zvenčí. Ale i zevnitř. Zdá se, že není naděje…
Alice s Matem se dostanou pryč z úlu, ale než se stačí rozkoukat, jsou tu lidé ve skafandrech. Nakažený Matt již mutuje, a tak je jimi odvezen. Alice se probírá až na lůžku v nemocnici v Raccoon City. Vychází ven a všude vidí jen zkázu a nikde ani živáčka...